Wolfgang Brunner blickt zurück auf vielfältige Studien: 1977 - 81 studierte er Schulmusik an der Musikhochschule München und 1982 - 86 Klavier mit Hans Leygraf an der Musik-Universität Mozarteum Salzburg. Von 1985 - 89 studierte er Cembalo mit Liselotte Brändle, Kenneth Gilbert und Glen Wilson, Hammerklavier mit Eckart Sellheim und Richard Fuller sowie Historische Aufführungspraxis mit Nikolaus Harnoncourt.
Seit 1985 unterrichtet er Historische Tasteninstrumente, Generalbaß, Klavier, Klavierimprovisation und -didaktik am Mozarteum, 1990-92 auch Hammerklavier an der Musikhochschule Karlsruhe.

1988 war er Erster Preisträger des Internationalen C.P.E. Bach Wettbewerbes Hamburg in den Kategorien Cembalo und Hammerklavier und erhielt den Hammerklavierpreis der deutschen Grammophongesellschaft. 1989 war er Erster Preisträger des Internationalen Mozartwettbewerbes Brügge in der Sparte Hammerklavier.
Seit 1989 gastierte er bei fast allen bedeutenden europäischen Festivals für Alte Musik (u.a. Utrecht, Brügge, Herne) und gilt heute als einer der führenden Spezialisten seiner Generation. Zu seinen Partnern zählen dabei bekannte Interpreten der "Alten Musik-Szene" wie z.B. Michael Schopper, Barbara Schlick, Gerd Türk, Konrad Hünteler oder das Freiburger Barockorchester. Außerdem arbeitete er solistisch als Continuospieler immer wieder mit bekannten Dirigenten wie Sandor Vegh, Franz Welser Möst, Helmut Rilling, Silvain Cambrelin zusammen (u.a. bei den Salzburger Festspielen).

1991 gründete er das Ensemble "Salzburger Hofmusik", das sich hauptsächlich, aber nicht ausschließlich, mit der Musik des 17. - 19. Jahrhunderts auf Originalinstrumenten beschäftigt, wobei die Musik des Salzburger Hofes einen Schwerpunkt im Repertoire einnimmt.

Unter Wolfgang Brunners Schallplatten- und Rundfunkaufnahmen befinden sich zahlreiche Ersteinspielungen, u.a. die Klavierwerke von Anton Bruckner, E.T.A. Hoffmann, Lieder von Carl Orff und Heinrich Ignaz Franz Bibers Oper "Arminio".

Nebenbei beschäftigte sich W. Brunner viele Jahre mit Tanzwissenschaft und Tanzgeschichte. In diesem Zusammenhang studierte er Musik- und Theaterwissenschaft, sowie Volkskunde in München und Salzburg, war 1983 - 88 Lehrbeauftragter für historischen Tanz und veröffentlichte Aufsätze und Lexikonartikel (MGG-Artikel "Arbeau" und "Branle").